Jennifer Beals kết hôn với đạo diễn Alexandre Rockwell vào năm 1986 tại New York và cuộc hôn nhân này kéo dài đến năm 1996.Ngày 14 tháng 6 năm 1998, cô kết hôn lần thứ hai với Kenneth L. Dixon - một doanh nhân người Canada tại Michigan. Ken có hai người con, một trai và một gái từ cuộc hôn nhân trước. Ngày 18 tháng 10 năm 2005, Jennifer Beals sinh người con gái đầu lòng và cả gia đình hiện đang sinh sống tại thành phố Los Angeles.

Một số bạn thân của Jennifer Beals: Elizabeth Berkley (Saved By The Bell, Showgirls), Isabel Snyder (nhà nhiếp ảnh), Marlee Matlin (Children of a Lesser God, The L Word), Jodie Foster (Silence of the Lambs), Pam Grier (Foxy Brown, The L Word) và đạo diễn Quentin Tarantino (Pulp Fiction), Steve Buscemi, Jon Stewart, Jennifer Jason Leigh.